隐孢子虫病主要通过“粪-口”传播。因此若接触了被含有隐孢子虫的粪便污染的水源，便会患上隐孢子虫病。 隐孢子虫主要寄生于空肠近端。受到虫体的侵犯，宿主的肠黏膜受损，面积减少，影响了吸收功能，导致患者持久腹泻，进而导致水、电解质紊乱以及酸中毒。临床症状的严重程度以及病程长短取决于宿主的免疫功能，因此隐孢子虫病常为艾滋病病人并发腹泻而死亡的原因之一。